مسجد محمد علي هو مسجد مبني على الطراز العثماني، على غرار مسجد أيا صوفيا بإسطنبول، بناه محمد علي باشا بداخل قلعة صلاح الدين بالعاصمة المصرية؛ القاهرة، ما بين الفترة من 1830 إلى 1848.
ظلت القلعة منذ ان أنشأها صلاح الدين الأيوبي مقرًا للحكم في الدولة الأيوبية ودولة المماليك، وفى عهد الولاة العثمانيين ثم في عهد الأسرة العلوية، واستمرت كذلك إلى عصر الخديوي إسماعيل حيث اتخذ قصر عابدين العامر مقرًا للملك. وقد أخذ محمد على الكبير رأس الأسرة العلوية المصرية ومؤسس مصر الحديثة، بعد أن قام بإصلاح أسوار القلعة، بإنشاء القصور والمدارس ودواوين الحكومة بها، وتوج منشآته هذه بإنشاء مسجده الذي يشرف على مدينة القاهرة بقبابه ومآذنه.
وقد شرع في إنشائه سنة 1246 هجرية 1830م على أطلال أبنية قديمة مخلفة من مباني المماليك وتمت عمارته في سنة 1265 هجرية 1848م، وفي عهد عباس باشا الأول تمت نقوشه وزخارفه. وقد بنى هذا المسجد على نسق المساجد العثمانية المشيدة في إسطنبول، وتخطيطه مربع الشكل طول ضلعه 41 مترا، تغطيه في الوسط قبة كبيرة قطرها 21 مترا وارتفاعها 52 مترا محمولة على أربعة عقود كبيرة مرتكزة على أربعة أكتاف ضخمة، وحول هذه القبة أربعة أنصاف قباب، في كل جهة نصف قبة، وتغطى أركان المسجد أربع قباب صغيرة، ذلك عدا نصف قبة أخرى تغطى بروز القبلة الناتئ من الجنب الشرقي للمسجد. ويكسو جدرانه من الداخل والأكتاف الأربعة بارتفاع 11.30 متر كسوة من المرمر تعلوها نقوش ملونة، ويحلى القباب وأنصاف القبة زخارف بارزة منقوشة ومذهبة. وفى الجهة الغربية من المسجد تقوم دكة المبلغ وهي محولة على أعمدة وعقود من المرمر، واتخذ درابزينها ودرابزينات ممرات القباب من البرونز المشغول. وفى الركن الغربي القبلى منه يقع قبر محمد على الكبير تعلوه تركيبة رخامية مدقوق بها زخارف وكتابات جميلة، ويحيط به مقصورة من البرونز المشغول بشكل بديع، أمر بعملها عباس باشا الأول.
تذكر المراجع والمصادر المختلفة انه لما انتهى محمد علي باشا من إصلاح قلعة صلاح الدين الأيوبي وإنشاء المدارس والقصور والمدارس، قرر أن يبني جامعًا تقام فيه الصلوات ويكون به مدفن يدفن به.